Регулирует процесс восстановления нитратов до аммиака. 
При нехватке этого микроэлемента накапливаются нитраты, нарушается белковый обмен, что, в свою очередь, влияет на формирование урожая и его качество. 
Участвует в многих процессах метаболизма низших и высших растений, но главное в регулировании редукционно-окислительной реакции в некоторых звеньях обменного азота, фосфора и железа и в биосинтезе хлорофилла, углеводов и аскорбиновой кислоты. 
Под влиянием молибдена повышается белок в бобовых растениях и изменяется количество аминокислот.